Protein shape similarity assessment
Populärvetenskaplig sammanfattning Strukturbioinformatik och datorgrafik Proteiner bygger upp våra muskler, hud, hår m.m. och fungerar som katalysatorer (enzymer) för reaktioner som behövs för livet. Våra gener kodar för proteiner som utför funktioner i kroppen. Bioinformatik handlar om att studera det genetiska materialet hos människor och andra organismer. Strukturbioinformatik riktar in sig Abstract This Master Thesis explores a variety of approaches to protein structure comparision : CLICK, BetaSuperPoser, MAMMOTH, Minkowski Sum Boundary Calculation, 3DSurfer / Zernike Descriptors, Spherical Harmonics, D2 Shape (distance histogram) and ProBiS. The methods are categorized according to how they function and the meaning of their output parameters, in particular RMSD, is discussed. We