Using Molecular Dynamics and Enhanced Sampling to Predict Binding Poses Beyond The Rigid-Docking Approximation
Många sjukdomar kan kopplas till en svag länk i en av kroppens kemiska reaktionskedjor. En sådan svag länk kan vara ett protein. Ibland går det att lösa problemet genom att ett läkemedel binder in till, likt en nyckel i ett nyckelhål, och stoppar proteinets funktion. Frågan är: vilken molekyl kan binda in till proteinet, och hur? Kunskap om hur en liten molekyl binder in till ett protein är viktiA computational method is described and tested for prediction of ligand-binding poses between the human farnesoid X receptor and a set of 36 potential agonists, provided by the D3R Grand Challenge 2016. Using tools such as Molecular Docking, Molecular Dynamics, Reconnaissance metadynamics and cluster analysis, the method is an attempt to predict the binding pose without being biased by experimenta